Giáo sư Phùng Xuân Nhạ từng đảm nhiệm nhiều vị trí quan trọng trong hệ thống giáo dục và quản lý nhà nước, nổi bật là vai trò Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo. Trong suốt quá trình công tác, ông đã trực tiếp tham gia xây dựng và triển khai các chính sách lớn về đổi mới căn bản, toàn diện giáo dục và đào tạo tại Việt Nam.
Ông có nhiều năm kinh nghiệm làm việc với các trường đại học, tổ chức quốc tế và các cơ quan hoạch định chính sách, tập trung vào các lĩnh vực như: quản trị đại học, kiểm định chất lượng, phát triển hệ sinh thái giáo dục, và chuyển đổi mô hình đào tạo theo định hướng thị trường và đổi mới sáng tạo.